Как работать с файлами признаков

Информация о материале: Просмотров: 10169

Содержание

Ответы

Q: Что такое Файлы признаков?
A: Это простые текстовые файлы с расширением txt. Информация в этих файлах имеет определенную структуру. [Back to the top]

Q: Для чего нужны Файлы признаков?
A: Файлы признаков нужны для решения генетических задач с аллельным (неполное доминирование и кодоминирование) и неаллельным взаимодействием (эпистаз). Однако их можно использовать и для решения простых генетических задач. [Back to the top]

Q: Где находятся примеры Файлов признаков?
A: Если вы не изменили папку назначения в ходе установки программы, то эти файлы находятся в "C:\Program Files\Bifido Punnett Square Calculator\Traits files"(папка для Файлов признаков). [Back to the top]

Q: Могу ли я редактировать файлы с примерами или создавать новые Файлы признаков и использовать их в программе?
A: Да. [Back to the top]

Q: Какая программа нужна для редактирования или создания Файлов признаков?
A: Можно использовать простой текстовый редактор, например Блокнот. Не используйте для создания этих файлов текстовые процессоры, например Microsoft Word. [Back to the top]

Q: Как открыть Файл признаков в программе?
A: Перейдите на вкладку "Признаки". Нажмите кнопку "Открыть" и перед вами откроется стандартное окно Windows для выбора файла. По умолчанию программа откроет директорию, где находятся примеры с Файлами признаков. Если ваш файл находится в другом месте, то с помощью этого окна вы можете найти ваш файл на диске и открыть его. Если файл составлен не правильно вы можете получить сообщение об ошибке. [Back to the top]

Q: Как работает Файл признаков ?
A: Файл признаков состоит из дух частей. После открытия Файл признаков вы увидите данные в двух таблицах "Признаки" и "Комбинации генов". Таблица "Признаки" заполняется данными из первой части файла. В первой колонке (Ген) таблицы "Признаки" будут записаны аллели, а во второй колонке (Признак) соответствующие им признаки. Таблица "Комбинации генов" заполняется данными из второй части файла. Записи второй части в Файле признаков заключены в символы "{" и "}". В первой колонке "Имена" таблицы "Комбинации генов" будут записаны названия признаков, а во второй колонке "Комбинации" представлены комбинации аллелей которые контролируют этот признак. Вторая часть Файла признаков предназначена для формирования родительских генотипов для скрещивания. Эта часть не является обязательной. [Back to the top]

Q: Как записать родительские генотипы с помощью Файла признаков?
A: С помощью таблицы "Комбинации генов" вы можете выбрать родительские генотипы для скрещивания. Если вы сделаете двойной клик мышкой по клетке в колонке "Комбинации", то откроется список со всеми возможными комбинациями аллелей для этого признака. Таким образом вы можете выбрать нужное значение для каждого признака. Нажав кнопку "В первый" или "Во второй" вы можете скопировать выбранную комбинацию в текстовое поле для первого или второго родительского генотипа. Такой способ записи родительских генотипов сделан в программе для того чтобы избежать ошибок в записи и для вашего большего удобства . Вы можете не использовать этот способ, а просто записать генотипы родителей в соответствующих текстовых полях. [Back to the top]

Q: Как получить результаты скрещивания для признаков из Файла признаков?
A: После того как вы открыли Файл признаков и записали генотипы родителей в соответствующих полях, вы должны выбрать пункт "Фенотипы по признакам" для результатов скрещивания и нажать кнопку "Вычислить". На вкладке "Калькулятор" вы увидите результат - соотношение по Фенотипам по признакам. [Back to the top]

Q: Как посмотреть из каких генотипов состоит определенный фенотип в соотношении Фенотипов по признакам?
A: Перейдите на вкладку "Найти". Используя таблицу "Найти" вы можете выбрать нужный фенотип. Если щелкнуть по ячейке в колонке "Комбинации", то вы увидите список всех возможных комбинаций. Таким образом вы можете выбрать нужные значения для каждого признака. После нажатия на кнопку "Найти" вы увидите из каких генотипов состоит определенный фенотип. [Back to the top]

Q: Какие основные правила для записи Файла признаков?
A:
1) Для разделения групп признаков используйте пустую строку.
2) Для разделения аллелей и признаков используйте двоеточие - ":".
3) Для разделения аллелей используйте пробел - " ".
4) Для обозначения второй части Файла признаков используйте символы "{" и "}".
[Back to the top]

Q: Какой порядок записи аллелей в Файле признаков?
A:
1) Записывайте вначале доминантный аллель, а потом рецессивный аллель.
2) Записывайте аллели для признаков с взаимодействием генов до признаков с простым доминантным аллелем.
3) Записывайте неаллельные взаимодействия генов (Эпистаз) до аллельного взаимодействия генов (Неполное и кодоминирование).
[Back to the top]

Q: Как правильно записать простой Файл признаков, используя основные правила?
A: Давайте рассмотрим это на конкретном примере. С помощью Проводника Windows или любого другого файлового менеджера перейдите в папку "C:\Program Files\Bifido Punnett Square Calculator\Traits files\ru_RU" (папка для Файлов признаков). И откройте файл "Mendelian 1.txt" в простом текстовым редакторе как Блокнот: Рассмотрим сперва первую часть. Мы имеем три группы признаков - цвет, размер и длина. Эти группы признаков разделены между собой пустыми строками:

Y:Желтый
y:зеленый

B:Большой
b:маленький

L:Длинный
l:короткий

Каждая строка в группе это аллель и признак, которые разделены символом двоеточия:

Y:Желтый

В каждой группе сперва записывается доминантный аллель, а ниже рецессивный:

Y:Желтый
y:зеленый

Вторая часть Файл признаков заключена в символы "{" и "}" и отделена от первой пустой строкой:

{
цвет:Y y
размер:B b
длина:L l
}

Каждая строка здесь это название признака и все аллели гена, который контролирует этот признак. Они также разделены символом двоеточия:

цвет:Y y

А аллели гена разделены символом пробела:

Y y

[Back to the top]

Q: Можно ли записать в Файл признаков аллели, которые обозначаются несколькими буквами?
A: Да. Вы можете посмотреть это в файле "Mendelian 2.txt [Back to the top]

Q: Почему так важен порядок записи аллелей в Файле признаков ?
A: Программа обрабатывает Файл признаков сверху вниз. Из каждой группы признаков программа выбирает только один признак для каждого генотипа и переходит к следующей группе. Поэтому какой признак программа выберет зависит от порядка аллелей в Файле признаков. Если аллель или сочетание аллелей доминирует над другими аллелями, то оно должно располагаться выше по порядку в Файле признаков. Единственное исключение - "+" или "<+>" - этот признак нужно записывать всегда в конце каждой группы. [Back to the top]

Q: Как правильно записать Файл признаков, если для обозначения фенотипа дикого типа вы используете символ "+" или "<+>"?
A: В этом случае необходимо соблюдать несколько простых правил:
1) В каждой группе признаков должен быть признак соответствующий - "<+>". Этот признак нужно записывать в конце каждой группы.
2) Признаки, которые рецессивны по отношению к "<+>", должны записываться как пара аллелей.
Вы можете посмотреть это в файле "Mendelian 3.txt"
[Back to the top]

Q: Из чего формируется соотношение Фенотипы по признакам?
A: Программа формирует соотношение Фенотипы по признакам из соотношения по генотипам или фенотипам. Если флажок "Из фенотипов" не отмечен, то соотношение формируется по соотношению генотипов, а если отмечен, то по соотношению фенотипов? [Back to the top]

Q: В каких случаях нельзя отметить флажок "Из фенотипов"?
A: Если вы имеете дело с неполным или кодоминированием или вы используете знак "+" для обозначения аллелей. [Back to the top]

Q: Как правильно записать Файл признаков для неполного доминирования и кодоминирования?
A: Сочетание аллелей для неполного доминирования и кодоминирования доминирует над просто доминантным аллелем и над просто рецессивным аллелем. Поэтому это сочетание нужно записывать до записи доминантного и рецессивного аллелей. Например так:

A a:признак1
A:признак2
a:признак3

{
имя:A a
}

[Back to the top]

Q: Как правильно записать Файл признаков для доминантного эпистаза?
A: Доминантный эпистатический аллель или комплементарные аллели доминируют над доминантным или рецессивным аллелями и над сочетанием аллелей для неполного доминирования и кодоминирования. Поэтому доминантный эпистатический аллель или сочетание комплементарных аллелей нужно записывать до любых гипостатических аллелей. Например так:

A B:признак1
A:признак2
B:признак3
*:признак4

{
имя:A a
имя:B b
}

[Back to the top]

Q: Как правильно записать Файл признаков для рецессивного эпистаза?
A: Если программа формирует соотношение Фенотипы по признакам из соотношения по генотипам, то рецессивный эпистатический аллель должен быть записан как пара. Рецессивные эпистатические аллели доминируют над доминантным или рецессивным аллелями и над сочетанием аллелей для неполного доминирования и кодоминирования. Поэтому рецессивные эпистатические аллели нужно записывать до любых гипостатических аллелей. Например так:

b b:признак1
A:признак2
a:признак3

{
имя:A a
имя:B b
}

[Back to the top]

Q: Как правильно записать Файл признаков для полигенного наследования?
A: Для полигенного наследования записи будут располагаться в порядке уменьшения числа полигенов. Например так:

A A A A:признак1
A A A:признак2
A A:признак3
A:признак4
a:признак5

{
имя:A a
имя:A a
}

[Back to the top]

Q: Можно ли обозначить признак в Файле признаков как число?
A: Да. Это используется для обозначения признаков в некоторых задачах с полигенами. Например:

D:Значение для доминантного аллеля
d:Значение для рецессивного аллеля

{
имя:D d
имя:D d
}

[Back to the top]

Q: Что обозначает символ "*" в Файле признаков?
A: Этот символ означает любой другой аллель, кроме аллелей которые записаны до этого символа в Файле признаков. Но если этот признак обозначен числом, то символ "*" в данном случае обозначает некое базовое значение для гомозиготного рецессивного генотипа. Это используется при полигенном наследовании, когда к базовому значению прибавляются значения для аллелей, которые записаны до этого символа в Файле признаков. Этот символ вы можете использовать в Файле признаков начиная с версии 3.3. Для эпистаза это может выглядеть например так:

A B:признак для этого сочетания аллелей
*:признак для всех остальных аллелей

{
имя:C c
имя:P p
}

А для полигенного наследования например так:

D:прибавляемое значение для каждого доминантного аллеля
*:базовое значение для рецессивного генотипа

{
имя:D d
имя:D d
}

[Back to the top]

Q: Что обозначает символ "!" в Файле признаков?
A: Этот символ используется в генетических задачах для полигенного наследования или для сцепленного наследования во второй части Файлов признаков. Для полигенного наследования мы используем этот символ, чтобы вставить двоеточие в "Комбинации генов" до и после наших генов ( начиная с версии программы 3.3 это нужно делать только в том случае, если вы обозначаете аллели разными буквами, например "R" - доминантный аллель, а "t" - рецессивный аллель.). Если вы поставите этот символ перед именем признака, то в "Комбинации генов" вместо всех возможных комбинаций аллелей для этого признака будут просто эти аллели или значения. Это может быть полезным когда вы составляете Файлы признаков для сцепленного наследования. Например так:

A:признак1
a:признак2

B:признак1
b:признак2

{
!символ:(
!имя1:A a
!имя2:B b
!символ:)
!символ:(
!имя1:A a
!имя2:B b
!символ:)
}

[Back to the top]

Продукт:	Генетический калькулятор
Версия:	4.0 final
Размер:	14.3 Mb
Язык:	En / Ru
Лицензия:	Бесплатная
ОС:	Win XP/Vista/7/8